You are here

Home » Content

Mİkrobiyolojide Kullanılan Bazı Moleküler Teknikleri

Molecular Technics Used in Microbiology

Journal Name:

  • Karaelmas Fen ve Mühendislik Dergisi

Publication Year:

  • 2012

Key Words:

Keywords (Original Language):

Author NameUniversity of AuthorFaculty of Author
Abstract (2. Language): 
The usage of molecular technics in molecular microbiology is getting widespread day by day. In this review general information and principles of current methods which are PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis), PCR (Polymerase Chain Reaction), MLST (Multi Locus Sequence Typing), MALDI-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption/Ionisation - Time of Flight) and 16S rDNA sequence typing were mentioned.
Bookmark/Search this post with
Abstract (Original Language): 
Moleküler tekniklerin mikrobiyoloji alanında kullanımı, her geçen gün daha da yaygınlaşmaktadır. Bu derlemede günümüzde kullanılmakta olan moleküler tekniklerden PFGE (Darbeli Alan Jel Elektroforezi), PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu), MLST (Çoklu Lokus Dizilim Analizi), MALDI-TOF (Matriks Destekli Lazer Desorpsiyonu/İyonizasyonu - Uçuş Süresi) ve 16S rDNA dizilim analizi hakkında genel bilgilere yer verilmiş olup yöntemlerin çalışma prensipleri açıklanmaya çalışılmıştır.
FULL TEXT (PDF): 
PDF icon arastirmax-mikrobiyolojide-kullanilan-bazi-molekuler-teknikleri.pdf
  • 2
53-62
  • Turkish

REFERENCES

References: 

Adıgüzel, A., İnan, K., Şahin, F., Arasoğlu, T., Güllüce M., Beldüz, AO., Barış, Ö. 2011. Pasinler kaplıcasından izole edilen termofilik bakterilerin moleküler farklılıkları. Turk. J. Biol., 35: 267-274.
Akçalı, A., Levent, B., Akbaş, E., Esen, B. 2008. Türkiye’nin bazı illerinde izole edilen Shigella sonnei suşlarının antimikrobiyal direnç ve “Pulsed Field” jel elektroforezi yöntemleri ile tiplendirilmesi. Mikrobiyol. Bül., 42: 563-572.
Arda, M. 1995. Biyoteknoloji (Bazı Temel İlkeler), Kükem Derneği Bilimsel Yayınları, Ankara.
Aydın Osmanağaoğlu, Ö., Kıran, F., Oral, B. 20010. Laktik asit bakterilerinin 16S rDNA sekans analizi ile tanımlanması, Bilimsel Araştırma Projesi Kesin Raporu, Ankara Üniversitesi, Ankara, 28 s.
Baldwin, A., Loughlin, M., Caubilla Barron, J., Kucerova, E., Manning, G., Dowson, C., Forsythe, S. 2009. Multilocus sequence typing of Cronobacter sakazakii and Cronobacter malonaticus reveals stable clonal structures with clinical significance which do not correlate with biotypes. BioMed Central Microbiol., 9: 223.
Başbülbül, G., Ateşlier Bakır, Z. B., Bozdoğan, B., Metin, K., Oryaşın, E., Bıyık, HH. Antimikrobiyal aktviteye sahip termofilik bakterilerin 16S rRNA analizi ile saptanması, Biyoloji Eğitiminde Evrim Sempozyumu, Malatya, 198- 203 s.
Birren, B., Eric, L. 1993. Pulsed Field Gel Electrophoresis: A Practical Guide, Academic Press Inc. San Diego, California.
Bottger, EC. 1989. Rapid determination of bacterial ribosomal RNA sequences by direct sequencing of enzymatically amplified DNA. FEMS Microbiol. Let., 65: 171–176.
Clarridge, J. E., Osting, C., Jalali, M., Osborne, J., Waddington, M. 1999. Genotypic and phenotypic characterization of “Streptococcus milleri” group isolates from a Veterans Administration hospital population. J. Clinic. Microbiol., 37: 3681–3687.
Çakır, İ., Çakmakçı, L. 2003. Laktobacillus ve Bifidobakterlerde bazı probiyotik özelliklerin belirlenmesi. Doktora Tezi, Ankara Üniversitesi, Ankara, 84 s.
Çakır, P., Güven, K. 2007. Gıda ve insan kaynaklı Staphylococcus aureus strainlerinin karakterizasyonu. Yüksek Lisans Tezi, Anadolu Üniversitesi, 97 s.
Çetinkaya, E. 2011. Gıdalardan izole edilen Enterobacter sp. ve Cronobacter sakazakii suşlarının biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle tanımlanması. Yüksek Lisans Tezi, Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 88s.(Basılmamış).
Çevik, AM. 1994. PCR ve infeksiyoz hastalıklarda kullanımı, Seminer, Ankara Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Bölümü.
Diallo, IO., Mackenzie, AM., Spradbrow, PB., Robinson, W. F. 1998. Field isolates of fowl pox virus contaminated with reticuloendotheliosis virus. Avian Dis., 27: 60-66.
Durmaz, R., Otlu, B., Çalışkan, A., Gürsoy, N. 2007. Acinetobacter baumannii, Escherichia coli ve Klebsiella türlerinin moleküler tiplendirilmesinde kullanılabilecek kısa süreli “Pulsed Field Gel” elektroforez (PFGE) protokolü. ANKEM Derg., 21(2): 113-117.
Erlich, AH., Gelfand, D., Sninsky, JJ. 1991. Recent advantages in PCR. Science, 252: 1643-1652.
Enright, MC., Spratt, BG. 1998. A multilocus sequence typing scheme for Streptococcus pneumoniae: identification of clones associated
with serious invasive disease. Microbiology, 144: 3049–3060.
Enright, MC., Spratt, BG. 1999. Multilocus sequence typing. Trend. Microbiol., 7: 482–487.
Enright, M.C., Knox, K., Griffiths, D., Crook, DW. M., Spratt, BG. 2000. Molecular typing of bacteria directly from cerebrospinal fluid. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis., 19: 627–630.
Garrity, G. M., Holt, JG. 2001. The road map to the manual, p. 119–166. In G. M. Garrity (ed), Bergey’s manual of systematic bacteriology. Springer-Verlag, New York, N.Y.
Harmsen, D., Karch, H. 2004. 16S rDNA for diagnosing pathogens: a living tree. Am. Soc. Microbiol. New., 70: 19–24.
Jefferies, J., Clarke, SC., Diggle, MA., Smith, A., Dowson, C., Mitchell, T. 2003. Automated pneumococcal MLST using liquidhandling robotics and a capillary DNA sequencer. Mol. Biotecnol., 24: 303–308.
Joseph, S., Cetinkaya, E., Drahovska, H., Levican, A., Figueras, M. J., Forsythe, SJ. 2011. Cronobacter condimenti sp. nov., isolated from spiced meat and Cronobacter universalis sp. nov., a novel species designation for Cronobacter sp. genomospecies 1, recovered from water, and food ingredients. Int.J. Sys. Evol. Microbiol. (Basımda).
Karahan, ZC. 2007. Staphylococcus aureus suşlarında Panton Valentine Lökosidin (PVL) genlerinin araştırılması. Bilimsel Araştıma Projesi Kesin Raporu, Ankara Üniversitesi, Ankara, 37 s.
Kıran, F., Osmanağaoğlu, Ö. 2011. Laktik asit bakterilerinin identifikasyonunda/ tiplendirilmesinde kullanılan moleküler yöntemler. Erciyes Ün. Fen Bil. Enst. Derg., 27(1): 62-74.
Kimura, M. 1980. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. Mol. Evol., 16: 111–120.
Kolbert, CP., Persing, DH. 1999. Ribosomal DNA sequencing as a tool for identification of bacterial pathogens. Curr. Opin. Microbiol., 2: 299–305.
Koluman, A. 2010. Piliç Kümesleri ve kesimhanelerinde Campylobacter jejuni kontaminasyonu belirlenmesi. Türk Hijyen Den. Biyo. Derg., 67(2): 57-64.
Maiden, MCJ., Bygraves, JA., Feil, E., Morelli, G., Russel, JE., Urwin, R., Zhang, Q., Zhou, J., Zurth, K., Caugant, DA., Feavers, IM., Achtman. M., Spratt, BG. 1998. Multilocus sequence typing: a portable approach to the identification of clones within populations of pathogenic microorganisms. Proc. Nat. Acad. Sci.. U.S.A. 95: 3140–3145.
Maldi Tof Ms. 2010 http://www.proteomicsnijmegen.nl
Miwa, N., Nishina, T., Kubo, S., Honda, H. 1997. Most probable number method combined with nested PCR for detection and enumeration of enterotoxigenic Clostridium perfringens intestinal contents of cattle, pig an chicken. J. Vet. Med. Sci., 59: 557-560.
Multi locus sequence typing. 2010. http://en.wikipedia.org
Multi locus sequence typing. 2010. www.mlst.net
Oktay, Hİ., Heperkan, D. 2010. Aspergillus izolatlarının PZR ile tanısı, bazı mikotoksinlerin in vitro tayini, sıcaklık ve sürenin incirde aflatoksin ve siklopiazonik asit oluşumuna etkisi. Doktora Tezi, İstanbul Teknik Üniversitesi, İstanbul.
Pace, N. 1997. A molecular view of microbial diversity and the biosphere. Science, 276: 734–740.
Palys, T., Nakamura, LK., Cohan, FM. 1997. Discovery and classification of ecological diversity in the bacterial world: the role of DNA sequence data. Int. J. Sys. Bacteriol., 47: 1145–1156.
Persing, HD. 1991. Polymerase chain reaction: Trenches to benches. J. Clin. Microbiol., 29: 1281-1285.
Pfister, P., Risch, M., Brodersen, DE., Bottger, EC. 2003a. Role of 16S rRNA helix 44 in ribosomal resistance to hygromycin B. Antimicrob. Agents Ch., 47: 1496–1502.
Pfister, P., Hobbie, S., Vicens, Q., Bottger, EC., Westhof, E. 2003b. The molecular basis for A-site mutations conferring aminoglycoside resistance :relationship between ribosom al susceptibility and X-ray crystal structures. Biochem., 4: 1078–1088.
Pulsed Field Gele Electrophoresis. 2003. http://www.bio.davidson.edu
Rodriguez, JM. 1997. Detection of pathogens by using the polymerase chain reaction. Vet. J., 153: 287-302.
Saiki, KR., Gelfand, HD., Stoffi, S., Scharf, JS., Higuchi, R., Horn, T. G. 1988. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polimerase. Science, 239: 487-491.
Salcedo, C., Arreaza, L., Alcala, B., De la Fuente, L., Vazquez, JA. 2003. Development of a multilocus sequence typing method for analysis of Listeria monocytogenes clones. J. Clin. Microbiol., 41: 757–762
Schochetman, G., Jones, KW. 1988. Polimerase Chain Reaction. J. Infect. Dis., 158: 1154-1157.
Selander, RK., Caugant, DA., Ochman, H., Musser, JM., Gilmour, MN., Whittam, TS. 1986. Methods of multilocus enzyme electrophoresis for bacterial population genetics and systematics. Appl. Environ. Microbiol., 51: 873–884.
Seng, P., Drancourt, M., Gouriet, F., La Scola, B., Fournier, PE., Rolain, JM., Raoult, D. 2009. Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by MALDI-TOF MS. Clin. Infect. Dis., 49(4): 552–3.
Thorne, JL., Kishino, H., Painter, IS. 1998. Estimating the rate of evolution of the rate of molecular evolution. Mol. Biol. Evol., 15: 1647–1657.
Tortoli, E. 2003. Impact of genotypic studies on mycobacterial taxonomy: the new mycobacteria of the 1990s. Clin. Microbiol. Rev., 16: 319–354.
Törnük, F., Kesmen, Z., Yetim, H. 2008. Et ve et ürünlerinde patojen bakterilerin tespitinde RT-PCR tekniğinin kullanılması. Türkiye 10. Gıda Kongresi, 21-23 Mayıs, s 519-522, Erzurum.
Tunchili, LM., Kodama, H., Sharma, RN., Takatori, I., Pandey, GS. 1996. Detection of Salmonella DNA in chicken embriyos and environmental samples by Polimerase Chain Reaction. J. Vet. Med. Sci., 58: 881-884.
Türkyılmaz, S., Esendal, Ö. 2002. Polimeraz zincir reaksiyonu ve mikrobiyolojide kullanım alanları. Kafkas Ün. Vet. Fak. Derg., 8(1): 71-76.
Ueda, K., Seki, T., Kudo, T., Yoshida, T., Kataoka, M. 1999. Two distinct mechanisms cause heterogeneity of 16S rRNA. J. Bacteriol., 181: 78–82.
Urwin, R., Maiden, MCJ. 2003. MultiLocus Sequence Typing: a tool of global epidemiology. Trend Microbiol., 10(11): 479-487.
Us, E., Erdem, B., Tekelli, A., Gerçeker, D., Saran, B., Bayramova, M., Şahin, F. Salmonella serotip Enteridis izolatlarının plazmid profil analizi ve “Pulsed Field” jel elektroforezi ile incelenmesi. Mikrobiyol. Bül., 45(2): 210-227.
Ünal, N., İstanbulluoğlu, E. 2009. İnsan ve sığır kökenli Staphylococcus aureus izolatlarının fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılması. Ankara Ün. Vet. Fak. Derg., 56: 119-126.
Walker, J., Dounan, G. 1989. DNA Probes: A new role in diagnostic microbiology. J. Appl. Microbiol., 67: 229-230.
Woese, CR., Stackebrandt, E., Macke, TJ., Fox, GE. 1985. A phylogenetic definition of the major eubacterial taxa. Sys. Appl. Microbiol., 6: 143–151.
Woese, CR. 1987. Bacterial evolution. Microbiol. Rev., 51: 221–271.
Wolcott, JM. 1992. Advances in nucleic acid-based detection methods. Clin. Microbiol. Rev., 5: 370-386.
Yılmaz, R., Temiz, A. 2003. Streptococcus salivarius subs. thermophilus ve Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgarisus’un klasik ve moleküler yöntemler kullanılarak tanımlanması ve karakterizasyonu. Orlab Mikrobiyol. Derg., 1(3): 19-42.

Thank you for copying data from http://www.arastirmax.com