Üst solunum yolu enfeksiyonu yakınmaları olan ilköğretim çağı çocuklarında polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi kullanılarak adenovirus araştırılması

Makalenin İngilizce İsmi: 
Investigation of adenovirus in primary school-age children with the symptoms of upper respiratory tract infection using polymerase chain reaction
Makale İçerik Bilgileri
Makale Dili: 
Türkçe
Anahtar Kelimeler: 
Adenovirus
ilköğretim çağı çocuklar
polimeraz zincir reaksiyonu
üst solunum yolu
Türkçe Özet: 

Sıklıkla soğuk algınlığına neden olan adenoviruslar insanlarda pek çok sistemi
etkileyen ve çeşitli hastalık tablolarına yol açabilen, dünya genelinde yaygın
virüslerdir. Bu çalışmanın amacı, ilkokul çocuklarında nazofarengeal adenovirusları saptamak ve virüslerin alt tip tanımlamasını yapmaktı. Bir salgın
olmaksızın solunum yolu enfeksiyon belirtileri olan ilköğretim çağı çocuklarından boğaz sürüntü örnekleri toplandı. Adenovirusların saptanması için genel adenovirus primerleriyle polimeraz zincir reaksiyonu kullanıldı. Polimeraz
zincir reaksiyonu ile adenovirus pozitifliği saptanan örneklerin gruba özgü
primerlerin kullanıldığı konvansiyonel polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle
alt grup tanımlaması yapıldı. Bundan sonra polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin özgül olup olmadığı MspI restriksiyon enzimi kullanılarak doğrulandı.
Beş yüz örneğin 11’inde (%2.2) adenovirus pozitif bulundu. Bu örneklerin
tümü E alt grubuna (Serotip 4) özgü primerlerle pozitif, B ve C alt gruplarına
özgü primerlerle negatif bulundu. Alt gruba özgü polimeraz zincir reaksiyonu
ürünleri E alt grubu ile uyumlu bulundu. Adenoviruslara bağlı enfeksiyonlar
sıklıkla hayatın erken dönemlerinde görüldüğü için, ülkemizdeki kısıtlı sayıdaki
çalışmalar daha çok okul öncesi çocuklar ve öğrencilerle ilişkilidir. Bu çalış-
mada tüm adenovirus suşları E alt grubu (serotip 4) olarak bulundu. Ancak
Türkiye’de ilköğretim çağı çocuklarında viral solunum yolu enfeksiyonlarına ait
veriler hala bilinmemektedir ve bu konuda daha geniş popülasyonlarla yapılacak çalışmalara gereksinim vardır

Key Words: 
Adenovirus
primary school-age children
polymerase chain reaction
upper respiratory tract
İngilizce Özet: 

Adenoviruses, being the common cause of common cold are the viruses
which affect many systems and result in various disease presentations in
the human and are common in the worldwide. The aim of this study was to
detect nasopharyngeal adenoviruses and perform subtype identification of
virus isolates in primary school-age children. Throat swab samples were collected from the primary school-age children with the symptoms of respiratory
tract infection without an epidemic. Polymerase chain reaction with common
adenovirus primers was used to detect adenoviruses. Subgroup identification
using conventional polymerase chain reaction with group specific primers
was made in samples detected positive for adenovirus by polymerase chain
reaction. Afterwards whether the products of polymerase chain reaction
were specific or not was confirmed by using MspI restriction enzyme. Of
five hundred specimens, 11 (2.2%) were positive for adenovirus. All these
11 specimens were positive with subgroup E (serotype 4) specific primers
and negative with subgroup B and C specific primers. Subgroup specific
polymerase chain reaction products were positive for subgroup E. Infections
caused by adenoviruses are usually seen in the early years of life, and limited
number of studies in our country have been performed on pre-school children
and students. In this study, all the adenovirus strains were identified as subgroup E (serotype 4). However, data on viral respiratory infections in primary
school-age children in Turkey are still unknown, and further studies in larger
populations are needed on this subject.

Yazar Bilgileri
2. Yazar
Yazar Adı: 
Mehmet Yapar
Yazar Anabilim Dalı: 
Viroloji
3. Yazar
Yazar Adı: 
Kenan Şener
Yazar Anabilim Dalı: 
Viroloji
4. Yazar
Yazar Adı: 
Cumhur Çökmüş
Yazar Anabilim Dalı: 
Biyoloji
5. Yazar
Yazar Adı: 
Çakır Güney
Yazar Anabilim Dalı: 
Viroloji
6. Yazar
Yazar Adı: 
Ayhan Kubar
Yazar Anabilim Dalı: 
Viroloji
Makale Künye Bilgisi
Makalenin Yayımlandığı Dergi: 
Gülhane Tıp Dergisi
Makale Yayın Yılı: 
2009
Cilt/Sayı: 
51
Sayı: 
3
Sayfa Aralığı: 
162-167
PDF Dosyası: 
application/pdf iconarastirmax_1587_pp_162-167.pdf
Makalenin Yayınlandığı Web Sitesindeki Linki: 
Makaleyi Dergi Web Sitesinden İndirin
Referanslar: 

Kaynaklar
1. Günaydın M. Adenovirüsler. In: Başustaoğlu A, Kubar
A, Yıldıran ŞT, Tanyüksel M. (çeviri eds). Klinik
Mikrobiyoloji. 9ncu baskı. Ankara: Atlas Kitapçılık,
2009: 1589-1600.
2. Jong JCD, Wermenbol AG, Uijterwaal MWV, et al.
Adenoviruses from human immunodeficiency virus
infected individuals, including two strains that
represent new candidate serotypes Ad50 and Ad51 of
species B and D. J Clin Microbiol 1999; 37: 3940-3945.
3. Hashido M, Mukouyama A, Sakae K, et al. Molecular
and serological characterization of adenovirus genome
type 7h isolated in Japan. Epidemiol Infect 1999; 122:
281-286.
4. Aydin K, Caylan ÖR. Soğuk Algınlığı. In: Uzun Ö, Ünal
S (eds). Güncel Bilgiler Işığında İnfeksiyon Hastalıkları.
Ankara: Bilimsel Tıp Yayınevi, 2001: 161-166.
5. Swenson PD, Wadell G, Allard A, Hierholzer JC.
Adenoviruses. In: Murray PR, Baron EJ, Pfaller MA,
Tenover FC, Yolken RH (eds). Manual of Clinical
Microbiology. 8th ed. Washington DC: ASM Press,
2003: 1404-1417.
6. Inagawa WS, Tanaka K, Uchio E, Itoh N, Ohno S, Aoki
K. Genome typing of adenovirus type 34 isolated in
two cases of conjunctivitis in Sapporo, Japan. J Clin
Microbiol 2001; 39: 4187-4189.
7. Inagawa WS, Oshima A, Aoki K, et al. Rapid diagnosis
of adenoviral conjunctivitis by PCR and restriction
fragment length polymorphism analysis. J Clin
Microbiol 1996; 34: 2113-2116.
8. Ishiko H, Shimada Y, Konno T, et al. Novel human
adenovirus causing nosocomial infections of epidemic
keratoconjunctivitis. J Clin Microbiol 2008; 46:
2002-2008.
9. Sener K, Yapar M, Guney C, et al. Investigation
of the presence and subgroups of adenoviruses in
nasopharyngeal samples of military recruits with
respiratory tract infections. Mikrobiyol Bul 2009; 43:
91-101.
10. Yapar M, Aydogan H, Pahsa A, et al. Rapid and
quantitative detection of Crimean-Congo Hemorragic
Fever Virus by one step real-time reverse transcriptase
PCR. Jpn J Infect Dis 2005; 58: 358-362.
11. Erişim: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.
html. Son erişim tarihi: 16.03.2005.
12. Emel Bozkaya. Solunum sistemi infeksiyonları ve
influenza. In: Ustaçelebi Ş, Abacıoğlu H, Badur S (eds).
Moleküler, Klinik ve Tanısal Viroloji. Ankara: Güneş
Kitabevi, 2004: 101-111.
13. Kim RM, Lee RH, Lee MG. Epidemiology of acute viral
respiratory tract infections in Korean children. J Infect
2000; 41: 152-158.
14. Carballal G, Videla C, Misirlian A, Requeijo PV, Aguilar
CM. Adenovirus type 7 associated with severe and fatal
acute lower respiratory infections in Argentine children.
BMC Pediatr 2002; 2: 6.
15. Aslan SS, Yılmaz G. Akut solunum yolu enfeksiyonlu
çocuklarda adenovirus enfeksiyonu insidansının
saptanması. Türk Mikrobiyol Cem Derg 2001; 31:
242-244.
16. Tsutsumi H, Ouchi K, Ohsaki M, et al.
Immunochromatography test for rapid diagnosis of
adenovirus respiratory tract infections: comparison
with virus isolation in tissue culture. J Clin Microbiol
1999; 37: 2007-2009.
17. Fujimoto T, Okafuji T, Okafuji T, et al. Evaluation of a
bedside immunochromatografhic test for detection of
adenovirus in respiratory samples, by comparison to
virus isolation, PCR and real-time PCR. J Clin Microbiol
2004; 42: 5489-5492.
18. Chen LH, Chiou SS, Hsiao PH, et al. Respiratory
adenoviral infections in children: a study of hospitalized
cases in southern Taiwan in 2001-2002. J Trop Pediatr
2004; 50: 279-284.
19. Allard A, Girones R, Juto P, Wadell G. Polymerase chain
reaction for detection of adenoviruses in stool samples.
J Clin Microbiol 1990; 29: 2683.
20. Echavarria M, Kolavic SA, Cersovsky S, et al. Detection of
adenoviruses (AdV) in culture-negative environmental
samples by PCR during an AdV-associated respiratory
disease outbreak. J Clin Microbiol 2000; 38: 2982-2984.
21. Shike H, Shimizu C, Kanegaye J, Foley J, Burns JC.
Quantitation of adenovirus genome during acute
infection in normal children. Pediatr Infect Dis J 2005;
24: 29-33.
22. Xu WH, Erdman DD. Type-specific identification of
human Adenovirus 3, 7 and 21 by a multiplex PCR
assay. J Med Virol 2001; 64: 537-542.
23. Garnett CT, Erdman D, Xu W, Gooding LR. Prevalence
and quantitation of species C adenovirus DNA in human
mucosal lymphocytes. J Virol 2002; 76: 10608-10616.
24. Harrington KP, Khanna M, Waters CR, Henrickson
KJ. Rapid detection and identification of human
adenovirus species by adenoplex, a multiplex, PCR
enzyme hybridization assay. J Clin Microbiol 2004; 42:
4072-4076.
25. Kinchington PR, Romanowski EG, Jerold Gordon
Y. Prospects for adenovirus antivirals. J Antimicrob
Chemother 2005; 55: 424-429.
26. Echavarria M, Forman M, Ticehurst J, Dumler JS, Carache
P. PCR method for detection of adenovirus in urine of
healthy and human immunodeficiency virus-infected
individuals. J Clin Microbiol 1998; 36: 3223-3226.Cilt 51 • Sayı 3 Çocuklarda adenovirus araştırılması • 167
27. Cooper RJ, Yeo AC, Bailey AS, Tullo AB. Adenovirus
polymerase chain reaction assay for rapid diagnosis of
conjunctivitis. Invest Ophthalmol Vis Sci 1999; 40: 90-95.
28. Echavarria M. Adenoviruses. In: Zuckerman AJ,
Banatvala JE, Schoub BD, Griffiths PD, Mortimer P (eds).
Principles and Practice of Clinical Virology. 6th edition.
Oxford, UK: John Wiley & Sons Ltd., 2009: 463-488.
29. Yamazhan T. 1995-1996 kış mevsiminde, hücre kültürü
yöntemi ile bölgemizde saptanan adenovirus, solunum
sinsityal virus ve parainfluenza virus enfeksiyonları.
Uzmanlık Tezi, 1998, İzmir.
30. Baskın E. Çocukluk çağında adenovirus enfeksiyonları.
Uzmanlık Tezi, 1992, Sivas.
31. Kaygusuz S, Köksal İ, Aydın K, Çaylan R. Investigation
of atypical bacteria and virus antigens in respiratory
tract infections by use of immunofluorescence method.
Jpn J Infect Dis 2004; 57: 33-36.
32. Pumariega T, Savon C, Mune M, et al. Isolation and
identification of adenovirus in hospitalized children,
under five years, with acute respiratory disease, in
Havana, Cuba. Mem Inst Oswaldo Cruz 2000; 95:
859-862.
33. Murtagh P, Cerqueiro C, Halac A, Avila M, Kajon A.
Adenovirus type 7h respiratory infections: a report of
29 cases of acute lower respiratory disease. Acta Pediatr
1993; 82: 557-561.
34. Chuang YY, Chiu HC, Wong SK, et al. Severe adenovirus
infection in children. J Microbiol Immunol Infect 2003;
36: 37-40.
35. Wong S, Pabbaraju K, Pang XL, Lee BE, Fox JD. Detection
of a broad range of human adenoviruses in respiratory
tract samples using a sensitive multiplex real-time PCR
assay. J Med Virol 2008; 80: 856-865.

Giriş
Adenoviruslar (AdV), nezle ve çocuklardaki diğer
solunum yolu enfeksiyon etkenlerinin yoğun olarak
araştırıldığı bir dönemde, ilk kez adenoid dokudan
hücre kültürü hazırlanması sırasında 1953 yılında izole
edilerek orijin aldığı dokuya ithafen isimlendirilmiştir
(1). Aynı zaman diliminde akut solunum hastalığı ve
primer atipik pnömoni olgularında hücre kültürlerine
ekim sonrası adenoviruslar saptanmıştır. Günümüzde,
doğada mevcut canlıları enfekte edebilen 100’ün üzerinde adenovirus serotipi bilinmekle beraber bunların
51’i insanlardan izole edilmiştir (2). AdV’la ilişkili üst
solunum yolu enfeksiyonları soğuk algınlığı, farenjit
ve tonsillit şeklinde görülmekte olup, özellikle 1’den
7’ye kadar olan serotiplerle ilişkilidir (3). Tip 1, 2, 5 ve 6
ile oluşan enfeksiyonlarda dikkat çekici bir özellik yaklaşık %50 olguda virüsün adenoid ve tonsiller dokuda latent durumda kalmasıdır. Bronşit, bronşiyolit ve
pnömoni gibi alt solunum yolları enfeksiyonları adenovirus enfeksiyonuna bağlı olarak sık görülen komplikasyonlardır (4). Özellikle yenidoğan ve çocukluk ça-
ğında (nadiren yetişkinlerde) ciddi ve bazen ölümcül
pnömoniler görülebilmektedir. Bu durumun 3, 4, 7 ve
21 serotipleriyle ilişkili olduğu gösterilmiştir (5).
AdV hemen hemen bütün organ sistemlerinden
izole edilebilmektedir ve tüm yıl boyunca endemik
olan ve her yaş grubunda görülebilen pek çok klinik
sendromla ilişkisi bulunmaktadır. AdV kış ve ilkbahar
aylarında bölgesel solunum yolu enfeksiyon salgınlarına, yaz aylarında yüzme havuzuyla ilişkili faringokonjunktival ateş salgınlarına ve yılın herhangi bir
zamanında endüstriyel göz travması veya oftalmolojik işlemlere bağlı olarak keratokonjunktivit epidemilerine yol açabilmektedir (6-8).
Bu çalışmada, herhangi bir salgın durumu olmaksızın Ankara ilindeki bazı ilköğretim okullarından
çeşitli yaş ve cinsiyetteki toplam beş yüz farklı öğrenciden toplanan boğaz sürüntü örneğinde AdV’ın polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi kullanılarak
* Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji AD
** GATF Tıp Fakültesi Viroloji BD
Ayrı basım isteği: Dr. Kenan Şener, GATF Viroloji BD, Etlik-06018, Ankara
E-mail: tabipks@yahoo.com
Makalenin geliş tarihi: 01.07.2009 • Kabul tarihi: 03.09.2009Cilt 51 • Sayı 3 Çocuklarda adenovirus araştırılması • 163
saptanması ve saptanan AdV’ın hangi alt gruba ait olduğunun PZR ve restriksiyon enzim kesimi yöntemleriyle belirlenmesi amaçlandı. Bu şekilde adenovirus
insidansı belirlendi.
Gereç ve Yöntem
Örneklerin toplanması: Mart 2007 ile Nisan 2007 tarihleri arasında Ankara ilindeki farklı bölgelerde bulunan on ilköğretim okulu ziyaret edilerek üst solunum
yolu enfeksiyonu (ÜSYE) hastalığı yakınmaları (boğaz
ağrısı, öksürük, halsizlik, gibi) olan öğrenciler ayrıca
bir fizik muayeneden geçirilmeksizin tespit edildi ve
velilerine bilgilendirilmiş gönüllü onam formu gönderildi. Ertesi gün velilerinden izin alınmış toplam 500
ilköğretim öğrencisinden pamuklu eküvyon çubuklar
ile farenks duvarının lateral ve posteriyor bölgelerinden boğaz sürüntü örneği alındı. Boğaz sürüntü örnekleri streptomisin (100 mg/L) ve penisilin (100000 U/L)
içeren Eagle’s Minimum Essential Medium (MEM) içine konularak soğuk zincir ile laboratuvarımıza gönderildi. Örnekler çalışma zamanına kadar -80
o
C’de dondurularak saklandı. Bu çalışma Ankara Üniversitesi Fen
Bilimleri Enstitüsü Biyoloji AD’na ait bir doktora tez
çalışması olarak planlanmış ve finansmanı üniversite
tarafından sağlanmış olup, çalışmanın tamamı GATF
Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD Viroloji BD
laboratuvarında gerçekleştirildi.
Adenoviral DNA araştırılması: Adenovirus DNA’sının
araştırılmasında PZR kullanıldı. DNA izolasyonu daha
önce tanımlandığı şekilde (9) alkali fenol-kloroformizoamil alkol yöntemiyle yapıldı. Buna göre 250 μl reaksiyon tamponu [20 mM (pH: 7.8) Tris-HCl (Sigma/
Almanya), 10 mM EDTA (Sigma/Almanya), %0.2
SDS Sigma/Almanya)] içine 70 mg/ml’lik pronase E
(Serva/Danimarka) solüsyonundan 10 μl ve son olarak 100 μl örnek eklendi. Karışım 42
o
C’de iki saat inkübe edildi. İnkübasyon sonunda tüplere 500 μl alkali fenol-kloroform-izoamil alkol (25:24:1) (Amresco/
ABD) eklendi ve santrifüj sonunda elde edilen üst sıvı
ayrı bir tüpe alındı. Alınan üst sıvının üzerine 500 μl
izopropil alkol eklendi ve santrifüj sonrası elde edilen
pellet 1000 μl %75’lik etil alkol ile yıkandı ve etanol
tamamen uçtuktan sonra elde edilen DNA pelleti 100
μl steril distile su ile tekrar süspanse edildi.
Primer dizaynı: Çalışmada kullanılan tüm primerlerin
dizaynı OligoYap 4.0 isimli bilgisayar yazılımı yardı-
mıyla yapıldı (10). Adenovirus ortak primerleri seçilirken GenBank’tan program arşivine dahil edilen 62 tam
genom dizisi kullanıldı (11). Dizayn edilen tüm diziler
(oligolar) internet yardımıyla GenBank’ın BLAST özelliği (National Institute for Biotechnology Information,
Bethesda, MD, USA) kullanılarak istenilen bölgeye
özgü olup olmadıkları yönünden kontrol edildi. Tüm
oligolar Alpha DNA (Kanada) firmasına sentezlettirildi. Adenovirus B, C ve E alt grubu için daha önce tanımlanan primerler kullanıldı (9) (Tablo I).
Tablo I. Adenovirusa ait ortak ve alt grup primerleri
Adı Primerler (5’ 3’)
Amplikon
uzunluğu (bp)
AdVP1 GCAAAGCGAAAGTAACATC 646
AdVP2 TACTTCCATCACATCAACAG
ADVBP1 CATGATCCATCGTCTCAGCGGCA 789
ADVBP2 CAGGATAATGCTTGGGGAATG
ADVCP1 GCTGTGACTCCGGTCCTTCTAAC 321
ADVCP2 CGGCGCATTATATACCCTTTAAG
ADVEP1 GCCCAGAAACCGGTGACACA 120
ADVEP2 CGGTCGACGGAATTTGAAAG
Polimeraz zincir reaksiyonu: Son hacmi 40 μl olan ve
içerisinde 2 mM dNTP (Sigma/Almanya), 1X PCR buffer, 2.5 mM MgCl
2,
1.5 U Taq DNA polimeraz ve 20
pmol sens ve antisens primerler olan reaksiyon karışı-
mına 10 μl DNA ilave edildikten sonra “thermal cycler” cihazında 94
o
C’de 5 dk, daha sonra her bir siklus
94
o
C’de 30 sn, 60
o
C’de 30 sn, 72
o
C’de 35 sn olmak
üzere 40 siklus ve en son uzatma aşaması için 72
o
C’de
5 dk olacak şekilde PZR işlemi gerçekleştirildi. Elde
edilen ürünün 5 μl’si jel elektroforezde (%1.5 agarose, 1x TBE) 100-bp moleküler standart (K180-250 UL,
Amresco, USA) kullanılarak 200 V’da 15 dk süreyle
yürütüldü. Jel ethidium bromid ile boyandı ve band
görüntüleri UV ışık altında GelDoc görüntüleme sistemi yardımıyla bilgisayar ortamına aktarıldı.
Adenovirus alt gruplarının belirlenmesi: Adenovirus yö-
nünden pozitif bulunan örneklerden tekrar DNA izolasyonu yapıldı ve bu DNA’lar B, C ve E alt gruplarına
özgü primerler (Tablo I) kullanılarak konvansiyonel
PZR işlemine alındı (9). Elde edilen amplikonların özgül ürünler olup olmadığını kontrol etmek için daha
önce tanımlanan şekilde restriksiyon enzim kesimi yapıldı (9). Bu işlemde kullanılacak enzimin seçiminde
OligoYap 4.0 isimli bilgisayar yazılımından yararlanıldı (10). Her alt grup için farklı büyüklüklerde DNA par-
çaları oluşturan MspI enzimi seçildi. Program arşivinde bulunan sekiz adenovirus E alt grubuna ait dizilere
göre, C/CGG tanıma bölgesinden kesim yapan bu enzimin 120 bp’lik PZR ürününü yaklaşık 10, 50 ve 60 bp
büyüklüğünde üç parçaya ayırması beklenmektedir.
Bulgular
Örneklem: Mart 2007 ile Nisan 2007 tarihleri arasında
Tablo II’de gösterilen Ankara ilinde bulunan rastgele
seçilmiş 10 farklı ilköğretim okulunda solunum yolu 164 • Eylül 2009 • Gülhane Tıp Derg Bodur ve ark.
enfeksiyonu şikayetleri olan (boğaz ağrısı, öksürük,
burun tıkanıklığı, burun akıntısı ve solunum güçlüğü
şikayetlerinden en az ikisi bulunan) ve herhangi bir
tedavi almayan öğrenciler taranarak ertesi gün aileleri
tarafından bilgilendirilmiş gönüllü onam formu imzalanmış olan 306’sı kız (%61.2) ve 194’ü erkek (%38.8)
olmak üzere toplam 500 çocuktan (yaş ortalaması 11.8
yıl) boğaz sürüntü örneği steril eküvyon çubuklarıyla
alındı. Alınan boğaz sürüntü örnekleri antibiyotik içeren viral transport besiyerlerine alınıp soğuk zincirle
GATF Viroloji BD laboratuvarına ulaştırıldı.
PZR işlemi sonrası 120 bp bölgesine uyumlu büyüklükte PZR ürünü oluştu (Şekil 2). Bu ürünlerin özgül
olup olmadıklarını kontrol etmek için MspI restriksiyon enzimi kullanıldı. Bu çalışmada elde edilen PZR
ürünlerinin restriksiyon enzim kesimi sonrası E alt
grubuyla uyumlu olarak agaroz jelde 50-60 bp bölgesinde bant oluştuğu görüldü (Şekil 3).
Tablo II. Örneklerin alındığı okullar
Sıra no İlköğretim okulu Örnek sayısı (n)
1 Boztepe 25
2 Mimar Kemal 71
3 Onüç Ekim 39
4 Metin Emiroğlu 34
5 Atıf Bey 76
6 Turhan Feyzioğlu 56
7 Dostlar 52
8 Cumhuriyet 33
9 Güneşevler 71
10 Nuh Eskiyapan 43
Toplam 500
Şekil 1. Adenovirus pozitif örneklere ait polimeraz zincir reaksiyonu
ürünlerinin jel görüntüsü (Yol 1 ve 2 pozitif örneklere ait, 3. yol negatif
örnek, 4. yol negatif kontrol ve 5. yol pozitif kontrol)
Şekil 2. Adenovirus E alt grubuna özgü primerlerle yapılan polimeraz
zincir reaksiyonu işlemi sonrası oluşan 120 bp bölgesine uyumlu
büyüklükteki polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerine ait jel görüntüsü
(SM: Size marker, 1-11. yollar: polimeraz zincir reaksiyonu ürünleri)
Şekil 3. Adenovirus E alt grubu polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin
MspI enzimi ile kesimi sonrası oluşan bantlara ait jel görüntüsü (SM:
Size marker, yol 1: Adenovirus E polimeraz zincir reaksiyonu ürünü,
yol 2: Restriksiyon Enzimi (RE) kesimi sonrası oluşan bantlar)
Adenoviral DNA araştırılması: Boğaz sürüntü örneklerinden DNA izolasyonu sonrası yapılan klasik PZR
yöntemiyle 500 örnekten 11’inde (%2.2) adenovirus
DNA’sı pozitif bulundu (Şekil 1).
Alt grupların belirlenmesi: Adenovirus B, C ve E alt
gruplarına özgü dizayn edilen primerler kullanılarak
yapılan PZR işlemi sonucunda AdV pozitif izolatların
hiçbirisinde B ve C primerleriyle PZR ürünü oluşmazken, 11 izolatın tamamında E primerleriyle yapılan Cilt 51 • Sayı 3 Çocuklarda adenovirus araştırılması • 165
Tartışma
AdV, ÜSYE’da çoğu kez etken virüsler olup, enfeksiyonları farenjit ve tonsillit şeklindedir. Genellikle B,
C ve E alt grubu AdV, solunum yolu enfeksiyonlarına
neden olmaktadır (12). AdV’ın tanısında altın standart yöntem hücre kültürü olarak kabul edilmektedir. Ancak hücre kültüründe iyi sonuç alınabilmesi,
örneklerin uygun şekilde alınması, uygun koşullarda
laboratuvara gönderilmesi, virüslerin aktivite kaybı-
na uğramaması için örnek alımı ile kültür ekimi arasındaki sürenin uzun olmaması gibi pek çok faktöre
bağlıdır. Aynı zamanda bakteriyel kontaminasyon
ya da örneğin kendi toksik etkisine bağlı olarak virüs
izolasyonunun engellenmesi hücre kültürünün bir
diğer kısıtlayıcı yönüdür. Ayrıca AdV’ın kültürde ço-
ğalabilmeleri için örnek içindeki virüs konsantrasyonuna bağlı olarak 3-21 gün gibi uzun bir zamana gereksinim duyulmaktadır. Tüm bu nedenlerden dolayı
günümüzde hücre kültürü yönteminin tanısal amaçlı
kullanımı oldukça kısıtlıdır. AdV’ın saptanmasında
ve tiplendirilmesinde bugüne kadar indirekt immü-
noflöresan antikor testi, shell-vial yöntemi, immü-
nokromatografi testi, PZR-RFLP yöntemi, klasik PZR,
multipleks PZR ve real-time PZR yöntemi gibi pek çok
yöntem kullanılmıştır (7,9,13-24). Geleneksel klinik
viroloji laboratuvar testlerinin en önemlileri olan virüs izolasyonundan veya serolojik testlerden sonuç
alınana kadar, virüs enfeksiyonu çoğunlukla klinik
seyrini tamamlamakta veya konvalesan evreye girmektedir. Bu nedenle PZR gibi hızlı ve duyarlı olan
nükleik asid amplifikasyon testleri klasik yöntemlere
göre daha avantajlı görünmektedir (19,25-27).
Adenovirus enfeksiyonları daha çok bebek ve küçük
çocuklarda görülmektedir. Beş yaşın altındaki çocuklarda akut alt solunum yolu enfeksiyonu etkeni virüsler içerisinde AdV %13 ile, respiratuvar sinsityal virus (RSV) (%32-36) ve parainfluenza virus (%17)’dan
sonra üçüncü viral ajandır (28). AdV’a bağlı enfeksiyonlar sıklıkla hayatın ilk yıllarında görüldüğü için,
ülkemizde konuyla ilgili son 20 yıl içerisinde yapılan
sınırlı sayıda çalışma daha çok okul öncesi ve okul
çağı çocuklarıyla ilgilidir. Bu çalışmaların çoğunda
serolojik yöntemler kullanılmıştır. Bu çalışmanın,
moleküler yöntemler kullanılarak toplu yaşam ko-
şullarına maruz kalan ve solunum yolu enfeksiyon
şikayetleri olan ilköğretim çağı çocuklarında AdV’ın
araştırılması ve saptanan suşların alt tiplerinin belirlenmesi açısından önemli olduğu düşünülmektedir.
Ege Bölgesi’nde 1995-1996 yılları arasında immünflöresan yöntemiyle yapılan başka bir çalışmada, ÜSYE
olan 187 (131’i çocuk, 56’sı yetişkin) hastada %3.7
oranında adenovirus pozitifliği saptanmıştır (29).
ÜSYE olan çocukluk çağı hastalarında Baskın’ın yaptığı serolojik bir çalışmada, adenovirus pozitifliği %28
olarak bulunmuş ve en sık görülme yaşının 13-24 aylar arası olduğu saptanmıştır (30). Kaygusuz ve ark.
solunum yolu enfeksiyonu şikayeti ile hastaneye mü-
racaat eden 211 (76 çocuk ve 135 yetişkin) hastanın
örneklerini immünoflöresan yöntemiyle bakteriyel
ve viral yönden araştırmışlar ve adenovirus sıklığını
çocuklarda %3.9, yetişkinlerde ise %14.8 olarak bulmuşlardır (31). Başka bir çalışmada alt solunum yolu
enfeksiyonu olan 50 çocukta adenovirus sıklığı hücre
kültürüyle %10 olarak bulunmuştur. Bu oran ÜSYE’lu
45 çocukta ise %6 olarak bulunmuştur (15). Bizim çalışmamızda bir salgın durumu olmaksızın solunum
yolu enfeksiyonu şikayetleri olan Ankara’nın değişik
bölgelerindeki ilköğretim çağı öğrencilerinden alınan
toplam 500 boğaz sürüntü örneğinde %2.2 (11/500)
adenovirus pozitifliği saptandı.
Bu çalışmada adenovirus oranının göreceli olarak
düşük bulunmasının nedeninin ülkemiz gibi geliş-
mekte olan ülkelerde virüsle daha çok okul öncesi yaş-
larda karşılaşılmasına bağlı olabileceği düşünüldü.
Küba-Havana’da, 1996-1997 yılları arasında hastaneye yatırılmış beş yaş altı, 128 akut solunum yolu
hastalıklı çocuktan 9‘undan (%7) adenovirus izole
edilmiş, restriksiyon enzim analizi ile tümünün C alt
grubuna ait olduğu ve serotiplerin ise 4 hastada AdV
1, bir hastada AdV 2 ve altı hastada AdV 6 şeklinde
dağıldığı görülmüştür (32). Arjantin, Buenos Aires’de
iki yıllık periyod boyunca pediyatrik ünitelerde yapılan çalışmalarda 168 akut solunum enfeksiyonlu
çocuğun 24’ünde (%14.3) adenovirus vakası tespit
edilmiştir. Bunların %82.3’ü alt grup B ve %17.7’si alt
grup C olarak bulunmuştur. Alt grup B’de sadece serotip 7 bulunmuştur (33). Taiwan’da yapılan bir çalış-
mada, hastanede yatan ve ÜSYE olan bebeklerden alı-
nan nazofarengeal sürüntü örnekleri doku kültürü ve
shell vial yöntemiyle incelenmiş ve hastaların 9’unda
adenovirus tespit edilmiştir. Bunların yedisinde alt
grup B (serotip 3), birisinde alt grup C (serotip 2) ve
diğerinde yine alt grup B (serotip 11) tespit edilmiştir
(34). Multipleks real-time PZR yönteminin kullanıldı-
ğı bir çalışmada iki yıllık periyod boyunca toplanan
solunum sistemi örneklerinde %2.3 oranında adenovirus pozitifliği bulunmuştur. Pozitif örneklerin ço-
ğunluğunun adenovirus alt grup B’ye (serotip 7) ait
olduğu, bunu alt grup C (serotip 2) ve yine alt grup
B’nin (serotip 3) izlediği görülmüştür (35). Bütün bu
çalışmalar adenovirus alt gruplarının ve serotiplerinin değişik ülkelerde, değişik mevsimlerde görülme
yüzdelerinin farklı olduğunu göstermektedir. Bu çalışmada gruba özgü primerlerle yapılan PZR testine
göre AdV pozitif saptanan izolatların tümü E alt grubuna (serotip 4) ait bulundu. Ülkemizde kısıtlı sayıda-166 • Eylül 2009 • Gülhane Tıp Derg Bodur ve ark.
ki çalışmalarda adenovirus enfeksiyonlarının seroprevalansı tam olarak belirlenmemiştir. Bu konuda daha
fazla epidemiyolojik çalışmaya gereksinim vardır.
Bu çalışmada ÜSYE etkeni olarak sıklıkla karşılaşı-
lan AdV, ilköğretim çağı çocuklarının boğaz sürüntü
örneklerinde, kısa sürede, güvenilir ve düşük maliyetle sonuç veren moleküler bir yöntem olan klasik
PZR yöntemiyle alt grup düzeyinde belirlendi. AdV’ın
araştırılması ve saptanan suşların alt tiplerinin belirlenmesi yönünden çalışmamız ülkemizde yapılan
en kapsamlı çalışmalardan birisidir. Bu nedenle elde
edilen verilerin gelecekteki çalışmalara ışık tutacağı
düşünülmektedir

Türkiye’nin ilk İşletme Fakültesi olan İstanbul Üniversitesi İşletme Fakültesi bir ilke daha imza atmaya hazırlanıyor. Arastirmax.com "1. Liselerarası İşletme ve Ekonomi Proje Yarışması"nın sponsorlarından biri olmaktan gurur duymakta.